В
ведущих крими-
налистических
лабораториях
мира в настоящее
время идет активное
внедрение технологии
высокопроизводи-
тельного секвенирова-
ния генома (massively
parallel sequencing,
MPS). Данный метод
обладает рядом преи-
муществ относительно
капиллярного элек-
трофореза (capillary
electrophoresis, CE),
в том числе:
•
возможность определения не только длины,
но и последовательности аллелей STR;
•
возможность включения в один набор локусов
разных типов (STR, SNP);
•
широкие возможности мультиплексирования
как исследуемых маркеров, так и образцов;
•
возможность анализировать не только целе-
вые локусы, но и вариабельность фланкирую-
щих последовательностей;
•
возможность получения дополнительной
информации о доноре биоматериала (этногра-
фическое происхождение, фенотипические
признаки и т.п.).
Тем не менее, нельзя отрицать, что, во многих
случаях, метод CE оказывается вполне достаточ-
ным для получения надежных результатов. Имен-
но поэтому о MPS сейчас имеет смысл говорить,
как об эволюционном шаге развития технологий
молекулярно-генетических исследований, кото-
рые уже сейчас способны дать дополнительную
информацию для проведения экспертизы, а в
будущем прочно войдут в рутинную практику.
Компанией Parseq Lab (Парсек Лаб, Санкт-
Петербург) было разработано комплексное реше-
ние — VariFind
™
HID solution, основанное на тех-
нологии MPS, и проведена апробация в ведущих
российских и зарубежных криминалистических
лабораториях.
VariFind
™
HID solution включает несколько ком-
понентов:
1. наборы реагентов для анализа ДНК
человека методом MPS (таргетное ресекве-
нирование заданных фрагментов);
2. программное обеспечение, предназначенное
для анализа результатов секвенирования, по-
зволяющее оценивать качество полученных
данных, определять генотипы исследуемых
образцов по заданным наборам локусов,
тестировать специфические гипотезы (напри-
мер, о родстве, о вхождении образца в состав
смеси) и оценивать статистическую значи-
мость получаемых результатов;
3. информационная инфраструктура (сервер) для
хранения и анализа больших объемов геном-
ных данных — Parseq Genome Server
™
.
Программное обеспечение позволяет прово-
дить анализ результатов исследования специали-
стам, не имеющим специальной подготовки в об-
ласти биоинформатики. VariFind
™
Software имеет
модульную структуру, что позволяет сравнительно
легко расширять доступный функционал, добав-
ляя новые модули. На данный момент доступны
модули импорта данных, анализа результатов
секвенирования и тестирования криминалисти-
ческих гипотез.
На данный момент нами разработано два вари-
анта наборов для идентификации личности.
В первом из них предполагается использование
двух панелей маркеров, сокращенной VariFind
™
ID-S (для работы с образцами ДНК низкого
качества) и расширенной VariFind
™
ID-L (для
получения более низкой вероятности случайного
совпадения в случаях, когда имеются образцы
ДНК достаточно высокого качества). Обе пане-
ли включают локусы, специально отобранные
для получения наибольшей дискриминирующей
способности при использовании в российских
популяциях.
На основе опыта применения панелей VariFind
™
ID-S и ID-L нами был разработан второй вариант
набора для идентификации личности. Целью
этой разработки стало расширение возможностей
применения набора для решения самых разных
ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫЙ
АНАЛИЗ ГЕНОМА В ПРАКТИКЕ
КРИМИНАЛИСТИЧЕСКОЙ ЭКСПЕРТИЗЫ
ПИЛЬЩИКОВА
Надежда Сергеевна,
cтарший научный со-
трудник, ООО «Агентство
Химэксперт»
49
